生物有機肥的作用為以下幾點：
1、增進土壤肥力施用固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素來源；解磷、解鉀微生物肥料，可以將土壤中難溶的磷、鉀分解出來，轉變?yōu)樽魑锬芪绽玫牧?、鉀化合物，改善作物的營養(yǎng)條件。
2、制造和協(xié)助農作物吸收營養(yǎng)根瘤菌侵染豆科植物根部，固定空氣中的氮素。微生物在繁殖中能產生大量的植物生長激素，刺激和調節(jié)作物生長，使植株生長健壯，促進對營養(yǎng)元素的吸收。
3、增強植物抗病和抗旱能力微生物肥料由于在作物根部大量生長繁殖，抑制或減少了病原微生物的繁殖機會；抗病原微生物的作用，減輕作物的病害；微生物大量生長，菌絲能增加對水分的吸收，使作物抗旱能力提高。 　
4、減少化肥的使用量和提高作物品質使用微生物肥料后對于提高農產品品質，如蛋白質、糖分、維生素等的含量上有一定作用，有的可以減少硝酸鹽的積累。在有些情況下，品質的改善比產量提高好處更大。